Mit der Neueröffnung des Museums wurde eine lange Restaurierungskampagne abgeschlossen. Die kürzlich erfolgte Restaurierung des Palastes hat ungefähr fünf Jahre gedauert und kostete schlussendlich etwas mehr als 1,85 Millionen Euro. Die Fassade des Hauptflügels wurde bereits 2007 in Angriff genommen. In den vergangenen fünf Jahren wurde der Palast sowohl außen als auch innen weiter renoviert, mit Aufmerksamkeit für den historischen Wert des Gebäudes.
Von 2014 bis 2018 wurde die Fassade auf der Seite der Gracht gereinigt. Die Dächer bekamen neue Schiefersteine, alle Dachrinnen wurden erneuert, die Tischlerarbeiten von Fenstern und Türen wurden repariert und nötigenfalls ausgetauscht, einige Böden wurden stabilisiert und nötigenfalls nivelliert. Auch alle Bleiglasfenster wurden renoviert und die Brüstung wurde völlig restauriert.
Restaurierung Innenraum
Im Inneren wurde die Polychromie der Decke in der Halle gereinigt. Alle anderen Räume wurden erneut gestrichen und bekamen eine Farbe, inspiriert durch das neugotische Interieur von Stadtarchitekt Louis Delacenserie Ende des 19. Jahrhunderts. Das neue Ausstellungsmobiliar ist eine moderne Anspielung auf die Wohnfunktion des Palastes in der Periode von Ludwig van Gruuthuse.
Der Delacenserie-Speicher wurde gründlich in Angriff genommen. Die Balken, auf Anordnung von Delacenserie mit Ludwigs Wahlspruch Plus est en vous bemalt, wurde größtenteils rekonstruiert.
Die Balken auf der Rückseite tragen noch die ursprüngliche Bemalung aus dem 19. Jahrhundert.