Die Kirche von Unserer Lieben Frau ter Potterie ist zweischiffig. An das Vorhospital grenzend liegt ein ursprünglich gotisches Schiff mit Chor, das Mitte des 14. Jahrhunderts entstand. Daneben befindet sich ein barockes Schiff aus dem 17. Jahrhundert, Marienschiff genannt. Letztere wurde speziell für die Verehrung der Mirakelstatue Unserer Lieben Frau ter Potterie aus dem dreizehnten Jahrhundert gebaut.

Lange Zeit wurde angenommen, dass die Überreste des seligen Idesbald van der Gracht aus dem zwölften Jahrhundert stammen. Nach gründlicher wissenschaftlicher Untersuchung im Jahr 2015 erwies sich, dass die Knochen 300 Jahre jünger sind. Das ändert nichts an der Verehrungsgeschichte an sich, und die Hingabe der Gläubigen wird dadurch nicht geringer. Überall in der Kirche wird man an diesen Seligen erinnert: durch einen gotischen, von Jean de Bethune nach Maß angefertigten Schrein, Glasfenster der Kirche, die die Geschichte seines Lebens erzählen, und ein Gemälde im gotischen Schiff der Kirche. Idesbald van der Gracht war Abt in der Dünenabtei in Koksijde. Als man 1239 beschloss, seine stofflichen Überreste innerhalb der Mauern des neuen Klosters neu zu begraben und dabei den Sarg öffnete, erwies sich der Leichnam als noch intakt. 1623, auf dem Höhepunkt der religiösen Spannungen zwischen dem calvinistischen Geusen und der katholischen spanischen Hoheit wurde der Sarg wiederum ausgegraben, um ihn an einen sichereren Ort zu überbringen. Er wurde erneut geöffnet, und der Leichnam schien noch immer intakt. Daraufhin setzte eine wahrhafte Wallfahrt ein, die auch noch durch Wunder in seinem Umfeld genährt wurde.

Der Besuch der Erzherzogin Isabella, die in dem Glasfenster im Chor dargestellt wird, erhöhte das Ansehen der Reliquien und der Abtei. 1627 wurde der Bleisarg mit dem Leichnam von Idesbald in die neue Dünenabtei in Brügge umgezogen, neben das Kloster Unserer Lieben Frau ter Potterie. Dort befindet sich heute das Priesterseminar. 1831 beschloss Nicolaus de Roovere, der letzte Mönch der Dünenabtei, die stofflichen Überreste von Idesbald den Augustinerschwestern der Potterie zu schenken. Die Versuche, die Verehrung des Idesbald van der Gracht offiziell durch die kirchliche Obrigkeit anerkennen zu lassen, hatten erst 1894 mit der Seligsprechung durch Papst Leo XIII. Erfolg. In Unserer Lieben Frau ter Potterie hatte man diese Entscheidung nicht abgewartet, sondern schon einen neugotischen Schrein bestellt, der 1892 nach einem Entwurf von Jean de Bethune gebaut wurde. 1896 wurde die neugotische Grabkapelle erbaut, um den Schrein mit den stofflichen Überresten darin unterzubringen. Jedes Jahr am 18. April, dem Gedenktag Idesbalds, wurde der Schrein aus der Grabkapelle geholt und in der Mitte der Kirche aufgestellt. Die Verehrung des seligen Idesbald van der Gracht führte jedes Mal viele Gläubige nach Brügge, die wegen rheumatischer Beschwerden wie Arthritis bei ihm Hilfe suchten.

Außer der gotischen Statue Unserer Lieben Frau ter Potterie wird auch der selige Idesbald in der Kirche angebetet. Die Glasfenster im Chor des ersten gotischen Schiffes stellen die Geschichte des seligen Idesbald dar. Auch die Honoratioren von Brügge wurden hier begraben. Links und rechts des Altargemäldes befinden sich zwei auffallende Renaissance-Prunkgräber. Das Gemälde über dem Altar stammt von dem bekannten Brügger Barockkünstler Jacob van Oost der Ältere und stellt die Anbetung der Hirten dar. Der monumentale Lettner wurde von einem Antwerper Künstler entworfen. In einer der oberen Nischen steht einer der wichtigsten Kirchenväter: der heilige Augustinus. Er ist der Ordensvater der Augustinerschwestern, die hier noch immer wohnen. Auch die Kirche ist noch täglich in Gebrauch.

Unserer Lieben Frau ter Potterie ist der bekannteste und einer der ältesten Wallfahrtsorte in Brügge. Schon seit Jahrhunderten kommen Gläubige in großer Zahl in die Kirche, um die Mirakelstatue bei Krankheit und Unheil um Hilfe zu bitten. Als Dank wurden ihr häufig Kunstwerke geschenkt. Die – zumeist anonymen – Kunstschätze sind nun Teil der Museumssammlung.