L’église de Notre-Dame de la Potterie compte deux nefs. Juste à côté du pré-hôpital se trouve une nef avec chœur, initialement gothique, qui date du milieu du 14e siècle. À côté se trouve une nef baroque du 17e siècle appelée la nef de la Vierge. Cette dernière fut spécialement construite pour le culte de la statue miraculeuse de Notre-Dame de la Potterie du 13e siècle.

Longtemps, on crut que les reliques du Bienheureux Idesbald Van der Gracht dataient du 12e siècle. Après des recherches scientifiques approfondies effectuées en 2015, il s’avéra cependant que les ossements avaient 300 ans de moins. Néanmoins, cela ne change rien à l’histoire de la dévotion, et la ferveur des fidèles n’en est pas moindre pour autant. Partout dans l’église, on est rappelé à ce Bienheureux : une châsse gothique conçue sur mesure par Jean de Béthune, des vitraux dans l’église qui racontent les aventures de sa vie et une peinture dans la nef gothique de l’église. Idesbald Van der Gracht était abbé à l’abbaye des Dunes de Coxyde. En 1239, lorsqu’il fut décidé d’exhumer ses restes pour les enterrer dans l’enceinte du nouveau monastère et qu’on ouvrit alors le cercueil, le corps s’avéra intact. En 1623, au plus fort des tensions religieuses entre les Gueux calvinistes et le souverain espagnol catholique, le cercueil fut de nouveau exhumé afin d’être transféré dans un lieu plus sûr. Il fut une fois de plus ouvert et le corps s’avéra toujours intact. Immédiatement, un véritable pèlerinage, encore alimenté par les miracles imputés à ses reliques, vit le jour.

La visite de l’archiduchesse Isabelle, qui est illustrée sur les vitraux du chœur, accrut le prestige des reliques et de l’abbaye. En 1627, le cercueil de plomb contenant le corps d’Idesbald fut déplacé à la nouvelle Abbaye des Dunes à Bruges, à côté du cloître de Notre-Dame de la Potterie, où se trouve aujourd’hui le Grand Séminaire. En 1831, Nicolaus de Roovere, le dernier moine de l’Abbaye des Dunes, décida de faire don des reliques d’Idesbald aux sœurs Augustines de la Potterie. Les tentatives visant à faire reconnaître officiellement le culte d’Idesbald Van der Gracht par les autorités ecclésiastiques n’aboutirent qu’en 1894, avec la béatification confirmée par le pape Léon XIII. À Notre-Dame de la Potterie, on n’avait cependant pas attendu cette décision et une châsse néogothique avait déjà été achevée en 1892, selon une conception de Jean de Béthune. La chapelle funéraire néo-gothique fut construite en 1896 afin d’accueillir la châsse avec les reliques. Chaque année, le 18 avril, le jour du Bienheureux Idesbald, la châsse était retirée de la chapelle funéraire et placée au milieu de l’église. La vénération du Bienheureux Idesbald Van der Gracht amenait toujours de nombreux croyants à Bruges, qui venaient l’invoquer contre des maladies rhumatismales comme l’arthrite.

Outre la statue gothique de Notre-Dame de la Potterie, le Bienheureux Idesbald est également adoré dans l’église. Les vitraux du chœur de la première nef gothique illustrent l’histoire du Bienheureux. Les notables de Bruges y étaient également inhumés. À gauche et à droite de la peinture d’autel se trouvent deux remarquables tombeaux Renaissance. La peinture au-dessus de l’autel, du célèbre artiste baroque brugeois Jacob van Oost l’Ancien, représente l’Adoration des bergers. Le monumental jubé du chœur fut conçu par un artiste anversois. Dans une niche, au sommet, se trouve l’un des plus importants Pères de l’Eglise, Saint Augustin. Il est le fondateur de l’ordre des sœurs Augustines qui vivent encore ici. L’église est également toujours en fonction aujourd’hui.

Notre-Dame de la Potterie est le lieu de pèlerinage le plus connu à Bruges et l’un des plus anciens. Pendant des siècles, les fidèles affluaient à l’église pour demander l’intervention de la statue miraculeuse en cas de maladie et de malheur. Pour la remercier, ils offraient souvent une œuvre d’art. Ces trésors - généralement anonymes - font maintenant partie de la collection du musée.